Nel testo della legge Gelmini di riforma universitaria, all'articolo 11, dopo aver dettato criteri "virtuosi" di distribuzione dei fondi di finanziamento, si dice: «Il calcolo degli squilibri finanziari dei singoli atenei può tener conto delle aziende ospedaliere nate da ex policlinici a gestione diretta... ». Non è chiaro quali effetti possa avere questa disposizione sulle regole di distribuzione dei finanziamenti alle diverse sedi. Ma certamente il passo citato sembra consentire al Ministro di ignorare, per alcuni atenei, alcune regole per la distribuzione dei fondi di finanziamento. Le eccezioni dovrebbero essere la Sapienza di Roma, le due università di Napoli, e l'Università di Messina.

Se le facoltà di medicina godessero di autonomo finanziamento, comprendente una quota relativa all’attività assistenziale, la "quota premiale" del finanziamento di queste facoltà potrebbe essere calcolata anche in relazione a parametri di qualità dell'assistenza clinica, in competizione con altre strutture ospedaliere (e presumibilmente con il contributo del sistema sanitario nazionale). Inoltre se le facoltà di medicina avessero un autonomo bilancio, esse potrebbero essere più facilmente destinatarie di donazioni di privati. Quest'ultime costituiscono una fonte potenziale di finanziamento ancora poco sfruttata in Italia, che certamente non è altrettanto accessibile alle facoltà la cui ricerca non è così vicina alle esigenze immediate dei potenziali donatori. L'autonomia finanziaria, e cioè la separazione dei conti e degli organici della facoltà di medicina dalle altre facoltà, non esclude affatto collaborazioni scientifiche con queste ultime, e nemmeno forme federative che conservino un’unità nominale di tutte le facoltà di un ateneo. Si tratterebbe solo di arrivare a un assetto più coerente con le regole di erogazione del finanziamento statale e più capace di attingere a finanziamenti da parte di altri soggetti.