Una delle classificazioni nazionali più attese è quella pubblicata ogni anno dal quotidiano Repubblica in collaborazione con il Censis, all'interno della Grande Guida Università Repubblica/Censis. La Guida, pubblicata il 19 luglio 2012, oltre a pubblicare informazioni pratiche sulle università, offre anche l'elenco delle migliori facoltà. Troviamo le eccellenze all'Alma Mater di Bologna (che ha le migliori facoltà italiane di Psicologia, Agraria e Scienze Politiche), all'Università di Padova (Economia, Medicina e Chirurgia, Medicina Veterinaria, Scienze matematiche) e all'Università di Udine (Lettere e filosofia, Lingue, Scienze della Formazione). Nella classifica generale, frutto della valutazione di più indicatori (servizi, strutture, internazionalizzazione, spese per diritto allo studio), Bologna è l'ateneo principale tra gli atenei "mega" (oltre 40 mila iscritti), Pavia fra quelli "grandi" (20 mila - 40 mila iscritti), Siena tra i "medi" (10 mila - 20 mila iscritti), Camerino tra i "piccoli" (fino a 10 mila iscritti). Tra i Politecnici, leggera preferenza per Torino su Milano.
Precedente di qualche giorno rispetto a quella di Repubblica/Censis è la classifica del Sole 24 Ore (16 luglio 2012). Sulla base di dieci indicatori (Immatricolati con voto di maturità non inferiore a 90/100, Attrattività, Dispersione al secondo anno, Rendimento, Laurea nei tempi, Rapporto studenti/docenti, Occupazione laureati, Fondi interni per la ricerca, Fondi esterni per la ricerca e Personale occupato in attività di ricerca) il primato non poteva che andare ai Politecnici: Milano prima e Torino seconda. Al terzo posto, a sorpresa, l'Università di Modena e Reggio Emilia. Tra le non statali, primato assoluto alla Bocconi di Milano e all'Università Vita-Salute San Raffaele di Milano. Terzo posto per la Luiss di Roma.
(Fonte: D. Gentilozzi, rivistauniversitas ottobre 2012)